Ich kann das Problem bei mir nicht nachvollziehen, daher verbreite ich einfach mal das weiter, was in den oben verlinkten Threads und Meldungen als Workaround empfohlen wird. Der einfachste Tipp wird sicherlich darin bestehen die Hardwarebeschleunigung zu deaktivieren.

Öffnet dazu eine beliebige Flash-Animation wie zum Beispiel diese Flash-Testseite und klickt mit der rechten Maustaste in die Animation, im Kontextmenü könnt ihr dann die Beschleunigung abstellen. Negative Konsequenzen sollte dies nicht haben, allerdings wird die Flash-Performance noch schlechter werden, als sie eigentlich jetzt schon ist.

Man wird diese schlechte Performance bspw. dann merken, wenn man YouTube-Videos im Vollbild abspielen möchte. Das Bild wird wahrscheinlich dann deutlich mehr ruckeln als sonst. Von daher verzichtet man eventuell besser auf Vollbild-Videos bei YouTube und zoomt (bei aktiviertem Compiz) mit Windows-Taste und Mausrad in das Bild hinein.

Eine bessere Lösung wäre aber vermutlich das Firefox-Addon FlashVideoReplacer, über das sich Videos verschiedener Video-Plattformen auch ohne Flash betrachten lassen. Des weiteren schreiben viele Anwender, dass sie das Problem mit den aktuellen Betas der kommenden Adobe-Flash Version nicht mehr auftritt. Von daher könnte die Installation der Beta auch einen Versuch wert sein.

Ich würde euch dafür Firefox-Addon Flash-Aid ans Herz legen. Mit ihm könnt ihr auf einem Ubuntu-Systems sehr bequem und vor allem auch ohne Fehler zu machen, verschiedene Flash-Varianten installieren ohne dass sich diese in die Quere kommen. Foren-Threads zum Thema: ubuntuforums.org, ubuntuusers.de (uvm.) und beispielsweise debianforum.de.